Bonus 

- Galerie d'artworks

Terminer le jeu une fois et trouver un maximum d'amulettes.

- Mode Difficile

Terminer le jeu une fois.

- Mode Ninja Master

Terminer le jeu en Difficile.

- Magasin de Muramasa

Terminer le jeu en Normal.

Jouer avec Momiji

Après avoir terminé le jeu une première fois, il faut battre le dragon rouge avec Momiji à la fin du premier niveau pour débloquer le mode The Way of Kunoichi. Pour y accéder, lancez une nouvelle partie pour incarner Momiji. Attention, le jeu sera plus difficile.

Joyeux anniversaire

Réglez les paramètres de la DS sur la date de votre anniversaire, et vous entendrez une voix dire "happy birthday" au lancement du jeu.

Technique ultime

Pour diminuer le temps de chargement de la technique ultime (aura bleue, puis rouge) et faciliter son exécution, vous devez laisser les orbes en l'air le plus longtemps possible. Ryu ne les absorbe que lorsqu'il ne bouge plus. Plus il y aura d'orbes à l'écran, plus la concentration sera rapide, ce qui permet de les enchaîner quasi sans interruption.

Réveiller Muramasa

Pour réveiller le vieil homme endormi, cliquez sur lui avec le stylet pour entendre ses ronflements, puis soufflez le micro.

Les amulettes

Il existe 45 amulettes dans le jeu, elles vous permettent de débloquer les bonus dans la section Récompenses qui devient accessible sur le menu principal après avoir terminé une première fois le jeu. Certaines amulettes sont cachées dans les 13 chapitres de l'aventure, d'autres s'obtiennent uniquement en recommençant le jeu en Difficile (Chef Ninja) et Très Difficile (Ninja Master), d'autres encore s'obtiennent en revenant dans les cercles jaunes qui apparaissent à chaque fois que vous terminez un niveau (il faut éliminer tous les monstres de la zone). L'amulette 45 s'obtient automatiquement après avoir obtenu les 44 autres.